国内産の小麦粉は10％強ほどしかありませんが、それもほとんどに化学肥料と農薬が使われており、安心・安全な小麦粉はなかなか手に入りません。
輸入されている小麦粉は、収穫後の農薬である 「ポストハーベスト農薬」 
で、貯蔵中、船便の中、日本に着いても倉庫の中で多くの防かび剤や殺虫剤が使われており、これが戦後の「小麦アレルギー」の元凶だったと思います。
小麦も植物ですから、呼吸をしています。
収穫から貯蔵庫、倉庫、ターミナル、船倉、など多くの経路の中で何度も農薬が使われますが、呼吸によって内部に（もちろん水分もありますから）入って行くことでしょう。

輸入の農産物や海産物はすべてを検査する訳ではなく、ほんの一部の検査で多くは書類だけでパスしてしまっています。